Temizlik istemeyen su deposu yoktur. Camdan bir su deposu olsa bile mutlaka temizlenmelidir. Su bardağı içinde suyu 3-4 gün bekletseniz su içindeki minerallerin bardak yüzeyine tutunduğunu gözlemler, hissedersiniz. Sağlık Bakanlığı, bilim üst kurulu, Refik saydam Hıfzıssıhha Müdürlüğü, Ankara Valililiği nin açıklama ve genelgeleri su depolarının 1 ile 6 ay arasında temizlenmesi yönündedir. Temizlenecek depolar için ayrım yapılmamış, seramik kaplı su deposu, fayans su deposu, kromnikel, paslanmaz çelik su deposu, PVC Mebran kaplama su deposu, Epoksi Boyalı-kaplı su deposu hatta antibakteriyel, mikrop bakteri barındırmayan yüzey yapısı oluşturma özelliğine sahip sürme esaslı yalıtım malzemeleri de olsa genelge ve kararlar doğrultusunda temizlenmeli, dezenfekte edilmelidir.